Det gjorde Napoli till vinnare i omgången då laget nu leder Serie A med sju poängs försprång.
Milan såg ut som en vinnare i 87 minuter.
Pierre Kalulu nickade in 1–0 efter en halvtimme och när Tommaso Pobega sköt 2–0 i 77:e minuten reste sig Zlatan Ibrahimovic upp och applåderade nöjt från sidan.
Den svenske veteranen är enligt italienska uppgifter ungefär en månad från spel efter sin knäoperation i somras.
Men applåderna i Milanlägret tystnade. Roma slog till två gånger i slutminuterna.
Först reducerade Ibanez i 87:e minuten och på tilläggstid kunde Tammy Abraham kvittera efter en frispark.
Romas 19-årige svenske talang Benjamin Tahirovic fick börja på bänken, men byttes in i den 66:e minuten.
Napoli, som besegrade Sampdoria borta med 2–0, leder nu Serie A med sju poängs försprång till tvåan Juventus och trean Milan som båda har 37 poäng. Roma ligger kvar på sjätte plats.