"Grattis till ditt historiska rekord, Lionel. Men framför allt, grattis till din fina karriär i Barcelona", skriver Pelé på Instagram.
Messis mål mot Valencia på lördagen innebar att argentinaren nu gjort lika många mål som Pelé gjorde för Santos, 643 mål.
"Precis som du vet jag hur det är att älska att bära samma tröja varje dag. Precis som du vet jag att det inte något bättre än platsen som vi känner är hemma. Men tyvärr blir historier som våra ganska ovanliga i fotbollen ", skriver Pelé.
Messi behövde 748 matcher för att nå milstolpen, Pelé nådde 643 mål på 665 matcher för Santos.