Enligt spanska medieuppgifter hade Barcelona gett sin stjärna extra julledighet hemma i Argentina efter en tuff höst. Men klubben uppger nu att Messi i själva verket missar tisdagens match på grund av en vristskada.
Han beräknas dock vara spelklar till matchen mot Huesca den 3 januari.
Messi har startat 17 av Barcelonas 20 matcher under säsongen hittills och gjort tio mål. Det är den poängmässigt sämsta starten på en säsong på 13 år för Messi, som i somras hamnade i en offentlig storkonflikt med Barcelona som stoppade honom från att lämna klubben.
Barcelona krävde att få 7,2 miljarder kronor för honom enligt den utköpsklausul som fanns i stjärnans kontrakt och konflikten hotade att gå till domstol innan Messi backade och stannade kvar i klubben.
Messi medgav i förra veckan att bråket påverkat hans form under hösten, men att han nu var lyckligare och fast besluten att göra sitt bästa för klubben, som för närvarande ligger femma i La Liga.