Touré, som gjorde 120 landskamper för Elfenbenskusten, vann inte en enda av de nio matcherna och hans lag tog bara två poäng.
Den förre backklippan tog över som manager för bottenlaget i Championship, den engelska andraligan, den 29 november i fjol då han skrev ett kontrakt som gällde i 3,5 år.
Men drygt åtta veckor senare får han se sig om efter ett nytt jobb.
"Tyvärr har inte resultaten varit som vi hade önskat och även om detta är ett tufft beslut kände styrelsen att det är nödvändigt för att ge oss den bästa möjliga chansen att hålla oss kvar", säger klubbens vd Malachy Brannigan i ett uttalande.
Wigan ligger sist, fyra poäng under nedflyttningsstrecket.
Managerjobbet var Kolo Tourés första efter att dessförinnan ha varit assisterande tränare i Elfenbenskustens landslag, Celtic och Leicester.