Det tog allsvenska Hammarby en dryg halvlek att vakna till.
Först efter 65 minuters spel fick Mikkel Jensen och Karl-Oskar Fjörtoft tag i mittfältet så att gästerna kunde komma in i matchen.
Gais höll uppe spelet bra, men i 86 minuten kunde inhoppande Björn Runström slå in segermålet gästerna. Med en snabb vändning och ett lågt avslut slog han in bollen i bortre hörnet.
Men segern var inte självklar. Det var hemmalaget Gais från superettan som ägde första delen av matchen. Det tog bara 20 sekunder innan Ante Covic i Hammarbys mål tvingades tippa bollen i ribban efter ett långskott av Gais-anfallaren Patrik Elmander.
Innan klockan passerat en minut hade Gais dessutom skaffat fram två hörnor. Laget fortsatte sedan i hela första halvlek att visa mer vilja och stressade Hammarby till misstag.
Roland Nilsson, tränare i Gais saknades inte på plan - Edier Frej, för dagen högerback i Gais, var bäst på plan till dess att han sträckte sig och rullades av planen på bår i 40 minuten.
I Hammarby var det mest Covic i målet som utmärkte sig, när han flera gånger avvärjde Gaisattackerna. De allsvenska gästerna spelade i vad tränare Linderoth efter mötet med Trelleborg kallade division fyra-tempo i första halvlek.
Efter Hammarbys ledningsmål öste Gais på framåt men man lyckades inte få till några riktigt vassa avslut. Laget kunde dock ha tagit ledningen genom Thomas Heed, som hade ett jätteläge i 82:a minuten. Avslutet gick dock strax utanför och allsvenska Hammarby var vidare till semifinal.