Han återvänder till sin moderklubb Onyx i Nyköping, som leder division 2.
Enligt ett pressmeddelande från KFUM Linköping innebandy är klubben och Thomsen helt överens och förändringen gäller omgående.
"Bakgrunden till beslutet är Henriks sociala bit utanför innebandyn inte har fungerat", skriver föreningens ordförande Per Johnsson i meddelandet och betonar att det inte finns någon konflikt bakom beslutet.