De båda svenskarna försvann i semifinal sedan Andreas Jonsson kört på Fredrik Lindgren.
Pedersen hade guldet så gott som klart redan innan tävlingen. Han inledde också som en värdig mästare genom att vinna sina två första heat. Eftersom enda hotet Jason Crump tappat poäng i inledningen av tävlingen var guldet klart efter andra heatsegern.
- De sista tre veckorna har varit de längsta i mitt liv. Jag kraschade rejält i en polsk ligamatch och var inte säker på att kunna starta i Bydgoszcz men läkarna gjorde ett bra jobb. Jag är så glad att guldet är klart och vill passa på att tacka alla som hjälp till, sade Pedersen.
Pedersen missade senare under kvällen final med minsta möjliga marginal.
VM-säsongen avslutades med ett så kallat Super Prix heat, som också vanns av Tomasz Gollob som drog in 120 000 dollar, runt 850 000 kronor. Tvåa i den finalen slutade Jason Crump, trea Rune Holta. Nicki Pedersen uteslöts på grund av tjuvstart.
Fredrik Lindgren var tillbaka på banan där han kammade noll för några veckor sedan. Det misslyckandet var glömt. Lindgren plockade åtta poäng efter tuff och bestämd körning under grundtävlingen och tog sig till semifinal för första gången sedan succén på Ullevi i maj.
Semifinalplatsen gav Lindgren en viss chans att ta sig in bland de åtta bästa som har VM-kontrakt säkrat nästa år.
I första startförsöket hade Lindgren en finalplats när han blev omkullkörd av Andreas Jonsson. Lindgren reste sig, borstade bort gruset, men hade aldrig riktigt häng på Greg Hancock i andra startförsöket.
Totalt blev Lindgren tia i VM-tabellen och får nu en tids nervös väntan innan kommande säsongs fyra permanenta wild card delas ut.
Andreas Jonsson visade härlig höstform på sin polska hemmabana. Jonsson vann tre av sina fem heat under grundtävlingen och imponerade. Jonssons starter var bättre än tidigare och han hade också snabba motorer.
Jonsson fick dock lämna tävlingen på tredje varvet i semifinalen. Jonsson kom i hög hastighet från sistaplats i heatet, hade passerat Greg Hancock, och tryckte sig också förbi Fredrik Lindgren. Men Jonssons manöver var regelvidrig, han klippte Lindgrens framhjul och blev utesluten. Jonsson slutade sjua i VM-tabellen och har en garanterad plats i nästa års VM-serie.